A Mata Atlântica, a Caatinga e o Pampa são os biomas brasileiros com menor cobertura por projetos de Zoneamento Ecológico Econômico (ZEE) e, por isso, sua ocupação está mais sujeita a ações sem planejamento e predatórias. O balanço dos territórios cobertos por Zoneamento Ecológico Econômico foi feito pelo Nacional de Indicadores Ambientais (PNIA), cujos primeiros resultados foram divulgados no final de dezembro pelo Ministério do Meio Ambiente.
O Zoneamento Ecológico Econômico é um instrumento da legislação ambiental brasileira, que estipula o estudo dos recursos naturais e as vocações de uma determinada região, de modo que a sua ocupação ocorra de forma planejada, a mais sustentável possível. Ações de ZEE têm sido feitas pelo governo federal, alguns governos estaduais e raramente por municípios, o que facilita a ocupação de seus territórios de forma desenfreada e desordenada.
Segundo o PNIA, em 2000 somente 13,4% do território nacional (1.140 mil Km²) estavam cobertos por projetos de Zoneamento Ecológico Econômico. Em 2011, a proporção subiu para 72% (6.209 mil Km²), o que significa uma evolução de quase 445% em pouco mais de uma década.
Em 2011, segundo o Ministério do Meio Ambiente, projetos de ZEE cobriam a totalidade dos biomas da Amazônia e do Pantanal, cerca de 67% do Cerrado e 27% da Mata Atlântica. Entretanto, segundo o próprio Ministério, a cobertura “mostrou-se ainda irrisória para a Caatinga e nula para o Pampa”.
O Macro Zoneamento Ecológico Econômico da Amazônia Legal foi oficializado pelo decreto federal 7.378, de 2010, após várias discussões no âmbito do Ministério do Meio Ambiente e estados que compõem a região. Segundo o Ministério, o MacroZEE da Amazônia Legal considerou outras iniciativas voltadas para a região, como Plano de Ação para Prevenção e Controle do Desmatamento na Amazônia (PPCDAm), as Políticas de Desenvolvimento Regional (PNDR) e de Defesa, Plano Nacional sobre Mudança do Clima e Programa de Regularização Fundiária da Amazônia Legal, entre outros. A forma de ocupação da Amazônia vem sendo muito criticada por organizações ambientalistas.
Entre as ações estaduais de Zoneamento Ecológico Econômico, está o ZEE da Baixada Santista, feito pelo governo de São Paulo. O Zoneamento Ecológico-Econômico – ZEE da Baixada Santista foi regulamentado pelo Decreto Estadual nº 58.996, de 25 de março de 2013. O Decreto estipula como deve ser ocupada cada área da Baixa Santista, indicando-se algumas proibições de uso.